NETASQ posiada wbudowany system ochrony antywirusowej ClamAV. Na obecność wirusów sprawdzana jest cała poczta przychodząca i wychodząca (protokoły POP3 oraz SMTP). Wiadomości zawierające wirusy są automatycznie usuwane a o zdarzeniu powiadamiany jest odbiorca poczty. Na obecność wirusów sprawdzane są też wszystkie odwiedzane przez użytkowników strony internetowe, zbiory pobierane z Internetu (ruch HTTP) oraz dane przesyłane przez FTP.
Dodatkowo, jako opcja, dostępny jest skaner antywirusowy Kaspersky AV. Filtr ochrony antywirusowej może pracować w trybie proxy mode lub bridge mode. W przypadku zastosowania trybu bridge mode ochrona antywirusowa jest "przezroczysta" dla ruchu sieciowego i nie wymaga żadnych zmian w konfiguracji sieci.
